[一部]
優勝 九州産業大学 １０勝０敗
第二位 九州共立大学 ５勝４敗１引分け（得失点差により）
第三位 九州国際大学 ５勝４敗１引分け
第四位 第一経済大学 ４勝５敗１引分け
第五位 福岡工業大学 ３勝７敗
第六位 近畿大学産業理工学部 ２勝８敗
[二部]
優勝 福岡大学二部 ６勝０敗
第二位 九州工業大学 ４勝２敗
第三位 九州歯科大学 １勝５敗
第四位 第一薬科大学 １勝５敗（得失点差により）
２００６年福岡県大学秋季リーグ戦結果
一部と二部の入れ替え戦が１０月２８日に筑豊球場にて行われた．
その結果，福岡大学二部が一部リーグへの昇格（３対２）が決まった．
